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我国《劳动法》第39条规定“企业因生产特点不能实行本法第36条、第38条（即标准工时制）规定的，经劳动行政部门批准，可以实行其他工作和休息办法。”其中的“其他工作和休息方法”即指与标准工时制度相对应的特殊工时制，主要有综合计算工时工作制与不定时工时制。
综合计算工时工作制，又称综合工时制，是指企业因工作情况特殊或受季节和自然条件限制，需要安排职工连续作业，无法实行标准工时制度，采用以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的工时制度。
不定时工时制，是指企业因工作情况特殊，需要安排职工机动作业，无法实行标准工时制度，采用不确定工作时间的工时制度。
特殊工时制的适用范围
企业实行特殊工时制有一定的行业、岗位、工作性质的要求与限制，根据劳动部《关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法》（劳部发[1994]503号，下称《审批办法》）第五条的规定：
（一）企业对符合下列条件之一的职工，可实行综合计算工时工作制：
1.交通、铁路、邮电、水运、航空、渔业等行业中因工作性质特殊，需连续作业的职工；
2.地质及资源勘探、建筑、制盐、制糖、旅游等受季节和自然条件限制的行业的部分职工；
3.其他适合实行综合计算工时工作制的职工。
（二）企业对符合下列条件之一的职工，可以实行不定时工作制：
1.企业中的高级管理人员、外勤人员、推销人员、部分值班人员和其他因工作无法按标准工作时间衡量的职工；
2.企业中的长途运输人员、出租汽车司机和铁路、港口、仓库的部分装卸人员以及因工作性质特殊，需机动作业的职工；
3.其他因生产特点、工作特殊需要或职责范围的关系，适合实行不定时工作制的职工。
特殊工时制的申请程序
根据《审批办法》的规定，用人单位实行特殊工时制的，应当经地方劳动行政部门审批。各地区对适用特殊工时制有着明确规定，企业可以根据当地的要求准备申请材料，本文以上海为例，用人单位按照以下步骤申请特殊工时制：
1.受理机关：企业应当向工商登记注册地的区县劳动和社会保障局提出申请，但是企业实行以年为周期综合计算工时工作制（包括同时申请实行不定时工作制）的，应当向市劳动和社会保障局提出申请。
2.申请材料：
①《企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制申请表》
②企业营业执照副本复印件和组织机构代码证复印件
③企业实行不定时工作制或综合计算工时工作制对员工工作和休息安排的计划，对确有必要的，劳动保障行政部门可以要求申请单位提供与实行特殊工时制相关的职工名册、考勤记录等其他材料。
3.审查批复：劳动保障行政部门自受理申请之日起20个工作日内作出是否准予实行特殊工时制的决定，并书面批复申请单位。
特殊工时制度下加班工资的计算标准
（一）综合工时制
根据劳动部《工资支付暂行规定》第13条之规定“经劳动行政部门批准实行综合计算工时工作制的，其综合计算工作时间超过法定标准工作时间的部分，应视为延长工作时间，并应按本规定支付劳动者延长工作时间的工资。”
通常来说，实行综合计算工时制的企业，如果没有超过核准周期内法定标准工作时间的，即便是周末休息日安排劳动者工作，也无需支付加班费，但是，如果在法定休假日安排劳动者工作的，应当根据《劳动法》第44条第2项的规定，按照不低于工资的百分之三百的标准支付加班工资。
实行综合计算工时制的企业，属于加班的情况主要有两种：
1.安排劳动者在法定休假节日工作的，需要按照不低于劳动者本人日或小时工资的300%支付；
2.安排劳动者在核准计算周期法定标准工作时间以外延长工作时间的，按照不低于劳动者本人小时工资的150%支付。
不定时工时制
根据《工资支付暂行规定》第13条的规定，实行不定时工时制度的劳动者，不适用延长工作时间发放加班工资的规定。
但是关于实行不定时工作制的企业，安排劳动者在法定节假日工作的，是否需要支付加班工资，各地规定不同，需要参考各地的具体规定确定，例如：《上海市企业工资支付办法》第13条的规定，实行不定时工作制的企业，安排劳动者在法定节假日工作的，企业应当按照不低于劳动者本人日或者小时工资的300%支付，《深圳市员工工资支付条例》第20条也规定，用人单位安排实行不定时工作制的员工在法定休假节日工作的，按照不低于员工本人正常工作时间工资的百分之三百支付员工加班工资，但是与此相反的是《北京工资支付规定》第17条的规定“用人单位经批准实行不定时工作制度的，不适用本规定第十四条（加班工资）的规定。”企业应当根据当地的具体规定进行判断和安排用工。
实行特殊工时制过程中的风险防范
企业在选择适用工时制度时，应结合本单位所处行业、工作性质等实际情况，并考虑用工的合法性与合理性，在不违反法律法规的情况下，尽量减少自身的用工成本。
企业若未经劳动行政部门的批准而实行特殊工时制的，若发生劳动纠纷，存在被法院或劳动仲裁部门认定按照标准工时制支付加班工资的法律风险，因此企业应当履行相应工时制度的申请审批手续。劳动行政部门审批通过了企业的特殊工时制申请后,企业应注意书面批复文件是否设定有效期,若设定了有效期限制的,应当在有效期内适用特殊工时制,有效期届满后,应当再次申请。
此外，因我国《宪法》明确规定劳动者有休息的权利，经批准适用特殊工时制的企业亦应当注意妥善安排员工的休息时间，否则劳动者可以根据《劳动合同法》规定的“未提供相应的劳动条件”为由，主张解除劳动合同，并且要求用人单位支付相应的经济补偿金，企业应当注意防范该方面的法律风险。
